Der Begriff Organismus wird allgemein für Systeme gebraucht, die als ganzheitlich, mehr oder weniger stark hierarchisch gegliedert und zielgerichtet gekennzeichnet werden sollen.In der Biologie und Medizin ist dies ein individuelles Lebewesen, also ein Tier, eine Pflanze oder ein Mikroorganismus. Obwohl Einzeller keine Organe und Viren oder Viroide darüber hinaus auch keine Organelle besitzen, kann man sie als hierarchisch gegliederte, zielgerichtete Organismen auffassen. Hyphen- oder Myzelpilze bilden dagegen ein einfaches Geflecht.Nach Ludwig von Bertalanffy ist ein lebender Organismus ein Stufenbau offener Systeme, der sich auf Grund seiner Systembedingungen im Wechsel der Bestandteile selbst erhält. Die Erhaltung der Bestandteile ist dabei nur durch ihre Beziehung auf das Ganze möglich.Jeder Teil eines Organismus ist immer gleichzeitig Mittel und Zweck aller anderen (Immanuel Kant). Weil ein Organismus zielgerichtet ist, also von einem Zweck (Teleologie) bestimmt wird, ist der Organismus selbst allerdings mehr als die Summe seiner Teile (Aristoteles).In der Regel werden Organismus und Mechanismus als Gegensatzpaare betrachtet, wobei der Organismus ein labiles, der Mechanismus dagegen ein stabiles System darstellt. Ein Ziel bei der theoretischen Betrachtung von Organismen ist deshalb immer die Vereinbarung von mechanisch-kausalen und organisch-teleologischen Prozessen.