Der Stoffwechsel oder der Metabolismus (griechisch μεταβολισμός, metabolismós „Stoffwechsel“, mit lateinischer Endung versehen) steht für die Aufnahme, den Transport und die chemische Umwandlung von Stoffen in einem Organismus sowie die Abgabe von Stoffwechselendprodukten an die Umgebung. Handelt es sich im ersten Fall um Fremdstoffe, so spricht man auch von Fremdstoffmetabolismus. Diese biochemischen Vorgänge (zum Beispiel innere und äußere Atmung, Transportvorgänge, Ernährung) dienen dem Aufbau und der Erhaltung der Körpersubstanz (Baustoffwechsel) sowie der Energiegewinnung (Energiestoffwechsel) und damit der Aufrechterhaltung der Körperfunktionen. Wesentlich für den Stoffwechsel sind Enzyme, die chemische Reaktionen katalysieren. Die Erforschung des Stoffwechsels erfolgt vor allem mit Methoden der Physiologie und Biochemie.Den Stoffwechsel kann man auch als Austausch von freier Energie oder Ordnung verstehen. Lebewesen erhöhen in sich die Ordnung (Abnahme der Entropie) auf Kosten der Erhöhung von Unordnung, also einer Erhöhung der Entropie, in der Umgebung. Man hat Lebewesen deshalb auch als Negentropen bezeichnet.Erwin Schrödinger hat darauf hingewiesen, dass der Ausdruck Stoffwechsel leicht missverstanden werden kann. Man könne meinen, es handele sich um einen Austausch von Stoffen („Jedes Atom Stickstoff, Sauerstoff, Schwefel usw. ist ebenso viel wert wie jedes andere seiner Art; was ließe sich durch ihren Austausch gewinnen?“). Tatsächlich ist aber eine chemische Veränderung von Stoffen gemeint.